Задача нашего Правительства, по приведение к власти в Афганистане лояльных к СССР руководителей была решена. Опасность прихода в Афганистан сил НАТО и США была устранена. Советское Правительство встало перед выбором: либо продолжать военное присутствие с вводом все новых средства и сил для перекрытия афганско-пакистанской графницы, через которую потоком шла военная помощь моджахедам, либо проводить политику примерения внутри Афганистана, находить с оппозицией общие точки соприкосновения, предлагать какие-то уступки. В результате восеной 1986г. к власти в стране был приведен Наджибулла, который объявил о политике примерения. Было решено начать вывод советских войск. Первые шесть полков были выведены еще в 1986г. Этот шаг доброй воли должен был показать оппозиции внутри Афганистана, что мы готовы на сотрудничество, что привело со стороны оппозиции к ослаблению боевой активности. Были намечены дальнейшие шаги к передачи военных городков и боевой техники представителям афганской армии.

Под эгидой ООН велись переговоры по афганскому вопросу. 14 апреля 1988 г. в Женеве министры иностранных дел Афганистана, Пакистана, Советского Союза и Соединенных Штатов Америки подписали пакет документов по политическому урегулированию положения в Афганистане. В соответствии с достигнутой договоренностью вывод войск должен был осуществиться до 15 февраля 1989 г. При этом другими участниками пререговоров были даны гарантии невмешательства во внутренние дела Кабула.
По сообщениям, в первые три месяца Афганистан покинули 50 183 военнослужащих. Еще 50100 человек вернулись в СССР в период с 15 августа 1988 года по 15 февраля 1989 года.

В начале ноября 1988 года вывод советских войск из Афганистана был приостановлен в связи с резко активизровавшимися наступательными действиями душманов, в частности, массированными ракетными обстрелами Кабула. Завершающая операция по выводу войск проходила в конце января - первой половине февраля 1989 года.

15 ферврля 1989 года генерал-лейтенант Борис Громов, согласно официальной версии, стал последним советским военнослужащим, переступившим по Мосту Дружбы, границу двух стран. В действительности на территории Афганистана оставались подразделения пограничников, прикрывающие вывод войск и вернувшиеся на территорию СССР во второй половине дня 15 февраля. Погранвойска КГБ СССР выполняли задачи по охране советско-афганской границы отдельными подразделениями на территории Афганистана до апреля 1989 года.